Media Encoder CC 2015 先日最新版（ver 9.2.0.26）にアップデートしましたが
アップデート後 ＭＸＦのソースファイルに対する監視フォルダの自動エンコード後の処理に不具合があるようです。
具体的には
通常 エンコード後、ソースファイルは自動で生成される「ソース」フォルダに移動されるはずですが、
フォルダは作成されるもののソースファイル自体は移動されません。
そのためエンコーダーを再起動すると再度監視機能により同じファイルのエンコードが始まってしまいます。
他に、mpeg2 と mp4のソースを試してみたところ、これらは問題なく動作しました。
ソースファイルがMXFの場合起こる現象のようで、アップデート以前は問題なかったこともあり、
おそらくアップデートの際のバグと思われますが、いかがでしょうか？
メッセージ編集者: k.sakura