Media Encoder CC 2015 先日最新版（ver 9.2.0.26）にアップデートしましたが
アップデート後 監視フォルダの自動エンコード後の処理に不具合があるようです。
具体的には
通常 エンコード後は自動で生成される「ソース」フォルダに移動されるはずですが、
フォルダは作成されるもののソースファイル自体は移動されません。
そのためエンコーダーを再起動すると再度監視機能により同じファイルのエンコードが始まってしまいます。
仕様変更かと設定等探ってみましたがそれらしいものは見つかりませんでした。バグでしょうか？